Warren's Blog

寒假那段时间，实验室的一位师姐不知道从哪里弄来了一颗郁金香的球茎，种在了实验室的阳台上。按照郁金香的花期，这段时间它应该已经开出了花——可是并没有，那颗可怜的球茎只是一味的长叶子，长得长长的就跟蒜苗一样高，甚至连个花苞都没打，一点开花的迹象都没有。

在排除了光照（实验室光线很充足）、营养（应该不缺吧？）、水分（可充足了）等影响因素之后，这颗球茎不开花的最大可能原因就是温度了。查询了一些种植经验帖，发现很多人提到郁金香需要冷藏一个星期左右的时间再来种植，因为郁金香等植物确实需要春化作用才能开花。师姐承认她没有做这一步处理，也许正是这个原因导致郁金香没有开花。

于是利用空闲时间，查了一下植物的春化作用的相关知识点。

在RNA-seq数据的分析流程中，基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种很常用的下游分析方法。这一方法在2005年由MIT博德研究所开发，用于确定先验定义的基因集（如特定信号通路的编码基因、疾病性状的关联基因等）是否在基因表达差异分析的结果上出现统计学显著性。

因为课题的原因，最近再一次复习了一下GSEA方法。目前有许多工具都能进行GSEA分析，例如博德研究所官方提供了一个基于Java编程语言开发的GSEA计算工具 ，南方医科大学的余光创教授开发的R语言工具包ClusterProfiler也提供了GSEA分析的功能。本文将简单介绍一下GSEA的原理，并举例说明如何使用博德研究所官方的工具包做GSEA分析。

这一周事情有点多。（开学后这段时间的摆烂造成了严重后果，组会后的心情十分低落。）

周末没有抽出太多时间探索新的知识，谨在此po一篇去年整理的旧文。

如题。

前些天，在电脑上安装R包时碰见了一个问题：

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> install.packages("FastEPRR_2.0.zip")
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
package 'FastEPRR' successfully unpacked and MD5 sums checked
> library(FastEPRR)
Error: package or namespace load failed for 'FastEPRR':
 package 'FastEPRR' was installed before R 4.0.0: please re-install it

根据报错提示，应该是我们用的R包版本比较老所导致的不兼容问题。这个R包并非官方CRAN上的包，而是实验室自己开发并封装的计算工具包，因此只有离线安装这一种安装方法，并且这个包的版本只与R 3.x.x版本兼容，低于系统里装的R 4.3.1版本。

下面是一些探索。

上周的文章中，我们介绍了几种Linux上的文件共享策略，并提到了可以用systemctl将程序注册为系统服务。本篇将主要介绍一下注册为系统服务的具体方法。

如题。

上一节中，我们介绍了几种跨设备的文件传输方案，其中提到了坚果云webDAV服务。鉴于坚果云的存储空间有限，为了获得更好的使用体验，本篇我们将要介绍在Linux云服务器上自建webDAV网盘服务的方法。

碎碎念。

刚放寒假那几天，有位朋友问了我一个问题： 有什么不限制文件格式的、基于网络的文件互传/同步工具或云储存，以便于代码/文档/图片等在不同设备之间的共享？ 这个问题之前没有仔细研究过，模模糊糊也只是知道有一些技术可以实现这样的文件共享，于是想着专门学习一下。然而，寒假期间除了休息和给长辈帮忙，就没怎么给学习留下时间。这不，趁着寒假快要结束，刚好抽出点时间来探索一下这个问题。

整理了一些云存储的通信协议。

如题。

有时候我们可能会有在无电脑的情况下开发和运行程序的需求。这个时候，可以使用本文提到的终端程序进行一些程序开发的操作。

这几天放假回家了。

具体来说，是昨天中午到的家。

如题。

如题。

原先的服务器快到期了，因此这周初新购进一台华为云的服务器。在配置服务器的时候，顺带温习了一下这些知识点。

R语言有save()和save.image()方法，可以保存整个工作区的镜像，用于下一次的使用。这个功能非常方便，可以节省调试过程中生成中间变量的时间。

那么python可以吗？

通过R安装了TinyTeX这一LaTeX发行版，并探索了用其编译jupyter notebook的方法。

本周更新了一篇技术文章。此外，对网站进行了一些调整，新增了文章搜索的功能。

“简单来说，normal模式中按下字母q进入录制模式，此时的操作会被记录。再次按下q录制完成。要执行已录制好的宏，只需要键入n@a即可，其中n是执行次数，a是宏名称”

一些搜索指令。

本文对pypy解释器进行了一些介绍

dataframe是统计学研究中经常使用的一种数据格式，最早在R语言上实现。python作为后起之秀，通过pandas这一模块也实现了对dataframe的支持。那么，这两种不同编程语言的dataframe又有什么区别呢？二者之间能否实现数据互通呢？本文将回答这些问题。

本文介绍了 AppImage格式，并连带介绍了几种别的打包方式。

如题。

本文转载自互联网，介绍了R语言从S3到R6的对象系统特性和使用方法。

没有一个冬天不可逾越，没有一个春天不会来临。

原文地址：
《剪贴板操作 Clipboard API 教程》 - 阮一峰

Git是一个开源的分布式版本控制系统，它可以有效、高速地处理从小到大的任何项目。

本文将从Git的诞生、原理、使用方法、分支与合并功能以及与GitHub的关系等方面对其进行简要介绍。

本周对博客中的一些历史文章缺失的图片进行了修补，此外对博客页面的外观进行了一点点微调——现在的卡片比之前更圆润了。

这一周更新了三篇文章：《obsidian探索小记（三）——与flomo笔记的联动》《常见服务器作业管理系统》《使用Python的SymPy库求解不定积分》。前两篇文章来自和同学交流中收集到的一些话题，而最后一篇文章来源于科研生活，某天师姐在推导公式时遇到的一个问题。

对obsidian笔记软件的继续探索。

如题。本文是对几种服务器作业管理系统的简要介绍。

如题。

本文介绍了vscode代码编辑器配置远程服务器插件的方法。

时隔半年，再次复习一下attention机制，并学习一下什么是self-attention。

时隔半年，再次复习一下attention机制，并学习一下什么是self-attention。

这个问题是某天我们年级的一位同学提出的，感觉很有意思，就在这里记录一下。

本题算是数学方法应用在生活中的一个小例子了。

本文介绍了obsidian图片自动上传插件Image auto upload plugin的配置与使用方法，并配置了腾讯云对象存储服务器作为上传图床。

zotero是一款著名的文献管理软件，而obsidian是一个界面很好看的markdown笔记软件。这两款软件都有着丰富的插件生态，并且二者可以联动，完成许多意想不到的事情。这里记录的就是我在两款软件联动上的一点点探索。

一篇没有标题的日记

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• 有四分之一的年轻人对未来感到不安，是日本少子化的主要原因。要采取让年轻人不会对未来过不上富裕生活而感到不安的措施。
• 在东亚社会里，让子女接受比自己更好的教育，找到比自己更好的工作，是父母的生活意义所在。
• 如果现实恋爱的满足度下降了，那虚拟恋爱的价值就会上升。也许现在已经不能说现实中的满足就更优越了。

本文转载自南方周末公众号，发表日期为2023年11月17日

划重点：基因敲除是完全让基因不表达；基因消融有点类似于基因敲减，是干扰基因的表达量，但是不完全抑制基因表达

本文介绍了样条曲线的原理，以及如何计算三次样条曲线。

之前装clusterProfiler的时候遇到这个问题，死活装不上HPO.db这个依赖包，后来经过了好一番折腾终于解决了。

本文为中科院上海分院Bio2000系列课程之《T/B细胞适应性免疫》的复习资料，整理于今年6月。

今天进行了一次比较大的更新，主要改动了下面三点内容：

1. 修改了页面主题
2. 关闭了部分拖慢加载速度的动画效果
3. 恢复了原先WordPress版博客的背景图片

此外，未来计划更新两方面的文章：

1. 计算机技术向的博客（会整理近半年来积攒的一些代码，并陆续更新）
2. 生物学知识，重点是一些生理学方面的内容

生活感悟类的文章依然会不定期发表。

一个基于pytorch、transformers等基础库的离线翻译程序

我的内心世界、我的社交模式以及其他。

漫长的10月终于快过完了啊。今天更新博客，主要进行了下面三项工作：

1. 移除了之前博客中的重复篇目，并对一些文章中遗失的图片进行了增补。
2. WordPress评论区的恢复已完成。目前的评论系统建立在github discussion之上，之前的评论可以浏览，但是无法回复。推荐使用新版评论系统进行评论和回复。
3. 更新了一篇技术文章。