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是这样的。前一阵子在知乎上面刷到一个工具,叫做 “黑方体-人生梳理器” ,可以通过填写一系列问卷并调用AI大模型,实现对短期人生目标的梳理和规划。在填写问卷时,我发现需要提供大五人格的测试结果——幸运的是,多年前我曾经自测过大五人格,还编写过一个python程序用来自动计分。因此这几天我也整理了一下代码并在GitHub上开源 ,以方便大家自测。

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基因组区域富集注释工具(Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool, GREAT)是一个用来进行功能注释和下游分析的工具集,用于分析通过全基因组范围内 DNA 结合事件的局部测量所确定的顺式调控区域的功能意义。与传统的基因富集分析工具如DAVID、enrichr或clusterprofiler不同,GREAT直接分析基因组区域而非基因列表,能够更全面地评估非编码区域的功能意义。

和先前的方法(如DAVID、enrichr等基于基因集列表的方法)相比,GREAT方法考虑了基因组片段,也能够正确纳入远端结合位点,因此在研究基因调控关系等方面效果更好。

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按:近日入秋,气温转凉,几场小雨之后,倏忽有了一种已经到了深秋的感觉。今天正好读到了余光中的这篇散文,对其中的秋色描写有很深的感触,遂摘录于此。又想起两年前的某个秋日,走在320园区里,有个老外骑着自行车飞驰而去高呼“Oh I love this weather! Oh!”,也许对秋天的喜欢,是刻在许多人心中的吧。

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这周组会上讲述的一篇论文。作者提出了一种检测蛋白质和DNA之间低亲和力相互作用的技术PADIT-seq,并通过这种技术发现了转录因子调控中的两种新机制。

Citation:Khetan, S., Carroll, B.S. & Bulyk, M.L. Multiple overlapping binding sites determine transcription factor occupancy. Nature (2025). doi:10.1038/s41586-025-09472-3

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最近,我在RSS订阅上看见了一篇综述,详细梳理了青少年所面临的社会威胁。文章中提到的很多社交威胁都很常见,但会被我们的监护人忽略。这就是本文的现实意义:看见这些真实存在的社交威胁,而不是逃避/视而不见。

Citation: Sequeira, S.L., Rodman, A.M., Nesi, J. et al. Social threat and adolescent mental health. Nat Rev Psychol (2025). doi:10.1038/s44159-025-00484-4

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2025 年 5 月 8 日,Mozilla 与北京火狐达成一致,北京火狐将不再运营 Firefox 浏览器及任何与 Firefox 有关的中国大陆业务。因此,北京火狐将于 2025 年 9 月 29 日后,正式终止与 Mozilla 及 Firefox 浏览器相关的中国大陆运营——说人话,就是Firefox(火狐浏览器)的中国版要停服了,以后世界上只有一个Firefox,即火狐国际版。

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PDF(portable document format)自从上世纪末由adobe提出以来,已经渐渐成为了广泛流行的文档格式之一。这是一个排版格式,其内部由二进制信息流(版面上的对象模型)组成,相比于word文档这种流式文档格式,PDF原则上不可修改(除了可以进行标注和标记),但其格式规范使其有着极高的兼容性,可以在任何设备上以相同的排版浏览文档内容。

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收藏两篇文章

一些问题想不明白,于是问了AI。下面是我的疑问与AI的回应,总结起来就是社会是复杂的,确实存在更多的压力和某种冷漠的趋势,但它并非完全没有爱或信任;但是想要爱与信任,需要建立在自己人格健康、能够自我关怀的基础上;以及,清晰的边界反而促进真诚连接。

这样的讨论真好呀。

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太长不看:python优先使用系统硬件随机噪声(urandom)作为随机数种子,如果无法获得urandom则使用系统时间;随机数序列使用梅森旋转算法(Mersenne Twister)实现,以生成足够随机的数字。

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https://mp.weixin.qq.com/s/gsnLDKoYVnHfS3T3Hi0wPA

上世纪90年代,中国青年基本实现了婚恋自主。追求爱情,建立一段由自己选择的深度情感关系,成为当时流行文化中青年反叛与建立主体性的标志。但今天,数据显示,中国父母对子女婚姻的介入似乎又在增加。这一次,是青年「理性选择」的结果。

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如题。在实验数据处理中,我们经常会碰到归一化和去批次的问题。对于RNA-seq数据的归一化,常用的方法有RPKM矫正,TPM矫正,Quantile Normalization等(参见博客往期文章《RNA-seq的数据归一化》 ),而单细胞测序数据,作为一类更加复杂的组学数据,其归一化和去批次的方法也更多更复杂。以下是结合近期实践的一些经验分享,写得不好,请多见谅。

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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第六次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录,主要涉及差异表达分析、基因富集分析、无监督学习的相关知识点,其中的重点包括差异倍数(Fold change)的计算,以及Fisher精确检验。

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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第五次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录,主要涉及相关性系数、一元线性回归、多元线性回归等知识点。

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如题。先前在朋友的博客中看到了一个利用大模型进行文献调研的研究(参见 《文献pdf改名&AI消化》 )。正好这一阵子有文献调研的需求,于是在此基础上进行了一些更深入的探索。

本文主要分为三个部分:①利用网络爬虫获取PubMed的论文全文内容;②通过prompt工程调用大模型,以json文档的形式返回消化结果;③pandas批量处理保存为Excel表格。下面是探索结果

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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按: 最近这一周,持续性的情绪很低落,感觉到孤独和疲惫。

说不上来情绪低落的原因,但应该不仅仅是因为课题和助教课工作带来的压力。天气闷热而阴沉,亦给人一种感官上的压抑情绪。单曲循环《富士山下》一下午,一些过去的事情又浮上心头,更觉得现在的自己形单影只,空虚而寂寞。

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第四次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录,主要涉及单因素方差分析(one-way ANOVA)、双因素方差分析(two-way ANOVA)的基本概念与计算方法,以及缺失值处理的相关知识点。

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

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最近在分析单细胞数据,因此和Seurat包打交道了不少。由于seurat的对象设计太复杂了,遂花了一些时间去学习其数据结构以及属性访问方法,整理为笔记特放置于此,谨供需要的朋友们参考。

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前段时间,GPT4.1发布了。在看相关报道的时候,偶然发现除了chatGPT官网以外,Github居然也提供了这些模型的API,并且免费用户可以调用。这下再也不用担心chatGPT偶尔的抽风和莫名其妙的突然降智了。

本文介绍如何使用这个大模型API服务。文章分为两个部分:获取API key,以及通过AI管理工具(如 cherry studio )调用服务。

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前段时间查文献的时候,偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过,时间太久有些忘了,正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍:机械工业《信息论基础(原书第二版)》(ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION),作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

(不知道信息论的知识点有没有人感兴趣;如果有人看的话,我打算连续出几期关于信息论的笔记与知识点整理)

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【按:组会上师姐用来比较数据的概率分布模型时,用到了这两个指标。会后,用DeepSeek查询了一下这两个指标的定义和计算方法,浅浅记录一下,以备未来回顾。】

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本文为生统助教课备课过程的一些记录,主要涉及参数估计与统计推断(假设检验)的基本概念、参数检验与非参数检验的流程与相关概率分布模型(本文重点),以及R和python当中的相关函数接口。

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