Warren's Blog

这周三，所里有团辅活动。

这两天在网上看到了一个开源的小工具叫MemoTrace，可以用来管理微信聊天记录和生成年度报告，感觉很有意思，浅浅探索了一下。

在生态学和临床医学中，有这样几个非常类似的概念很容易混淆：生命表（生态学），存活曲线（生态学），生存分析与生存曲线（临床医学）。这篇文章中我们将辨析一下这些概念，并介绍生态学研究中的矩阵群体模型（Matrix Population Models，MPM），后者是与生命表密切相关的一个数学模型。

「一年被雪，以及其他的——春天的，秋天的，夏天的——什么东西所埋葬后，十二月才进入到它的最后一天。一年过后，我们走在雪野上，含泪想到，又是一年了。但是，雪下的时候，却留下了去年经过雪地时的一行脚印，叫我们知道，他也一样一直从去年走到现在。」

前段时间读到的一篇很喜欢的散文，现在读来依然很感动。收藏在此，以便回顾。

又是一年岁末。似乎又到了写一年一度年终总结的季节。

然而相比于往年，今年的岁末有些过于平静甚至平庸。最近这几周，在忙碌于科研工作与助教课和摆烂于互联网两种状态之间来回切换，实在记不清有什么值得记录的事情。

好在，周末回看了一整年的博客和APP年终报告，突然觉得这一年经历了好多事情。所以这篇博客，就当是一篇年终盘点吧。

我看到岁月如何奔驰，挨过了冬季，就迎来春天

如题。

今天拜读了巩高峰老师数年前的一篇文章 《婚姻这个话题，聊聊就聊聊》 ，结合最近一段时间的见闻和思考，想继续讨论一下婚姻和爱情的话题。

这一部分内容来自第四次助教课的备课笔记与PPT。主要梳理了一代至三代测序技术的原理和应用范畴，以及基于高通量测序的组学技术。

这篇文章的起源是这样的。前段时间，eGPS 项目组的ydl师兄在修bug的时候遇到了Java类加载机制的问题，于是进行了一番探索，并在群里分享了他的学习心得 。随后，师兄提出让我写一写python类加载机制方面的内容。遂，利用空余时间查了点资料，形成了这样一篇文章。

十一月发生的各种事情记录，以及一些碎碎念。

如题。

因为工作需要，要从GEO数据库上批量下载一些数据集文件。鉴于手动下载文件太麻烦，于是折腾出这样一个用来批量下载文件的python脚本。

事情是这样的。本周一，所里断电进行供电系统维护，电力恢复后服务器上的MySQL数据出现了损坏，无法正常登录。

后来花了很长时间解决这个问题，下面是踩坑记录。

来自最近的助教课备课笔记。主要涉及两部分内容：生物节律检测，以及系统发育分析（包括序列比对和建树算法）。

如题。《乡下人的悲歌》是特朗普副手J.D.万斯出版的一本自传，讲述了他在铁锈带的成长经历，或许对于理解当今世界变化格局，以及规划我们自身成长有一定的帮助。

十月发生的各种事情记录，以及一些碎碎念。

如题。

这一篇教程节选自第一次助教课的课程内容。上周末准备助教课花了不少时间，也顺带复习了RNA-seq数据分析流程的相关知识。

多年前曾尝试过安装macOS虚拟机，因此这篇教程算复习。这两天帮助师兄做软件测试，需要macOS环境，由于缺乏mac设备，所以把整个虚拟机的安装流程又过了一遍。

当地时间7日，瑞典卡罗琳医学院宣布，将2024年诺贝尔生理学或医学奖授予科学家 Victor Ambros 和 Gary Ruvkun ，以表彰他们在“发现microRNA及其在转录后基因调控中的作用”中的重要贡献。

国庆期间的一些所思所感，以及随手拍下的照片。 Ich liebe den Herbst, besonders den sonnigen Tag im Herbst!

这段时间在备考驾照科目三，昨天考过，成功拿本。备考过程中写过一个小脚本，帮助自己复习夜间灯光模拟的操作，此处浅浅开源一下，供有需求的朋友使用。

是的，FFmpeg还能干这件事。

周末看完了毛姆小说《面纱》，一些所思所感。

如题。想批量获取基因信息，但是不想下载整个数据库，搜索相关资料时发现了这个API，遂探索了一下用法。

近期阅读了一篇研究癌症中的somatic mutation的文章，下面是阅读过程中的一些笔记。

这篇文章于2017年发表在Cell期刊上，下面是citation信息：

最近碎碎念有点多。

碎碎念比较多，可能是因为这段时间以来生活一直不算太顺心，且极其缺乏宣泄渠道，只能把一些情绪藏在日记里。一个人宅在实验室里的时候啥也不想做，只想刷知乎刷b站，出门转一圈又要被大街上成双成对的情侣或者成群结队的人群给羡慕到（也许是气死），生完闷气继续宅继续刷知乎刷b站，一点改变都没有。

在生活中，我们有时候会碰到这样一种场景：外出参加学术会议，回来整理PPT时发现所有的照片都需要裁剪；或者下载了一本扫描版的书，但扫描的图片对比度太低根本看不清字体。对于单张图片，我们可以很方便的使用各种编辑工具进行修改，但是如果图片一多，事情就要麻烦多了。

八月份过得好漫长啊。

最近倒是写下了不少碎碎念，浅浅整理于此，就当是对这个炎热的夏天的一些回忆吧。

如题。

按：李沐，深度学习专家，本科毕业于上海交通大学，PhD毕业于CMU，在百度、微软、亚马逊等公司就职过，并曾担任百度高级研究员，目前是 Boson AI 联合创始人。著有《动手学深度学习》一书，并在b站上以“跟李沐学AI”为账号发布了大量深度学习的教学视频。

前段时间，李沐回到了母校上海交大，做了一场关于 LLM 和个人生涯的分享。这篇文章转载自机器之心公众号，详细梳理了李沐的演讲内容。

下面是李沐的讲述。

如题。本文探索了从Ensembl biomart中导出基因组注释文件的方法。下文中的步骤主要针对dNdScv的输入，但也可以用于其他的生信分析任务。

如题。

前段时间休假在家，学习了不少心理学方面的知识，某日突然有一个疑惑：我算是一个情绪稳定的人吗？或者说，我想知道自己的情绪稳定性，在这些年来是变得更稳定了，还是更不稳定了。当我把这一疑问提交给chatGPT以后，它告诉我，可以分析一下这几年来的日记中的情感倾向变化，从而更好的了解自己。于是对文本情感倾向性分析进行了一些探索。

迁移体（migrasome）是参与细胞迁移过程中细胞质内容物释放的特殊细胞器。这些结构在细胞间通讯中起着重要作用。

七月生活的一些记录，以及一些碎碎念。

学习一门新语言过程中的一点笔记。

PubMed数据库不仅可以在网页端使用，还可以通过API在程序中调用。配合Echarts工具，可以拿来做引文网络构建；配合LLM，还可以作为文献调研过程中的智能助手。

下面是近期的一些探索。

看论文的时候看到了这个方法，由于不懂就去学习了一下，顺带浅浅做了点笔记。

在群体遗传学中，连锁不平衡是一个很重要的概念。前段时间看论文的时候看到了这个概念，于是专门花了点时间重温了一下相关知识点，顺带浅浅做了点笔记。

如题。

如题。

U.S. News世界大学排名是全球最知名且具有广泛影响力的大学排名之一，由美国《美国新闻与 世界报道》（U.S. News & World Report）发布。自1983年起，U.S. News开始对美国大学进行 排名，随着时间的推移，这一排名体系逐渐扩展到全球范围，成为衡量大学学术水平和综合影响力的重要参考。前几天他们发布了今年最新版的大学排名，感觉需要关注一下。

Termux是一个在安卓设备上模拟Linux终端的APP。借助这个终端，可以运行许多Linux程序；更进一步的，我们还可以在其上安装发行版并配置桌面环境，进而运行一些PC端应用（在华为最新的几款平板上，这个功能叫做“PC应用引擎”）。下面是探索的步骤

前段时间正好高考，和往年一样关于高考的讨论占据了那几天话题的顶流——这当然也包括对高考制度的反思。当时我关注的几个心理学方面的公众号都发布了征集令或者采访（例如《高考曾给你留下怎样的心理创伤？》），对高考带来的创伤进行了一些探讨。

由于工作需要，我要在一个docker环境中安装一个mysql，于是对docker和mysql做了一点探究，笔记如下。

又是一年520。

虽然今年此时依旧单身，但或许还是可以讨论点爱情相关的内容。几天前，看完了马尔克斯的一部小说《霍乱时期的爱情》，有了一些想法，正好放在520这个大背景下谈一谈。

2022年底，openai发布了chatGPT这一通用对话式大语言模型，之后的2023年，通用大语言模型进入井喷式发展阶段。在国外，openai（以及微软）、谷歌、meta、Anthropic AI 等公司先后发布自己的闭源或开源的大模型，而国内的互联网大厂也赶上了这一波浪潮，发布了许多面向国内市场的新产品。在这些公司中，最早出圈的百度文心一言，现在则有阿里通义千问、腾讯混元、字节豆包、讯飞星火等一系列大模型产品可供挑选。

这些产品大部分都可以通过浏览器免费访问它们的网页版。然而在一些场景中，使用浏览器可能并不现实（例如在一些低性能电脑上，或者在服务器命令行场景当中——在后一种场景下，我们能交互的只有命令行界面）。幸运的是，我们还可以通过API调用这些大模型。

在世界范围内，GPT-4、Claude-3等国外公司的产品已经远远走在了领域前列，然而受限于跨国访问的网络不稳定，在本文教程中我们更倾向于使用国内互联网公司的产品。我们将介绍如何基于python编程语言和通义千问的API打造一款命令行chatbot工具，并结合百度网页搜索以及beautifulsoup4库实现信息在线查询的功能。

一直很喜欢《别赋》中的几句诗：“或乃边郡未和，负羽从军。辽水无极，雁山参云。闺中风暖，陌上草薰”。北京作为首都，兼顾着北方军事重镇的职能，而北京西部和北部连绵不绝的群山，更是照应着“雁山参云”的辽阔雄浑。刚刚过去的五一假期，我开启了一趟特殊的北京天津特种兵之行。

本文简单介绍了可解释机器学习的研究背景，并结合python的sklearn接口简单探索了一些实现事后机器学习可解释性的方法。这些方法将对实际应用中的数学模型搭建和分析起到重要的作用。

四月天正是春光明媚的时节，和煦的暖风让人非常舒服。