Warren's Blog

似乎有一段时间没有写日记了。浅浅记录下最近的生活。

自然界生物千千万，不同生物之间的基因命名不同。当我们在一种生物中验证了某些基因的功能，并想要在另一些生物中研究，该怎么找到同源的基因呢？OrthoList就是一个好网站！（emmm虽然这个网站是某天读文献时偶然找到的，但感觉确实很好用，所以分享一下）

最近的一些code实践。
包括两个部分：基于ffmpeg的批量图片压缩，以及基于adb的软件安装包提取。

上一篇博客中，我们介绍了GREAT这个基因组注释工具，以及它的网页版界面的使用方法。在本篇博客中，我们将更深入的介绍rGREAT——这个工具的R语言版本，并展示一些高级用法。

是这样的。前一阵子在知乎上面刷到一个工具，叫做 “黑方体-人生梳理器” ，可以通过填写一系列问卷并调用AI大模型，实现对短期人生目标的梳理和规划。在填写问卷时，我发现需要提供大五人格的测试结果——幸运的是，多年前我曾经自测过大五人格，还编写过一个python程序用来自动计分。因此这几天我也整理了一下代码并在GitHub上开源 ，以方便大家自测。

基因组区域富集注释工具（Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool, GREAT）是一个用来进行功能注释和下游分析的工具集，用于分析通过全基因组范围内 DNA 结合事件的局部测量所确定的顺式调控区域的功能意义。与传统的基因富集分析工具如DAVID、enrichr或clusterprofiler不同，GREAT直接分析基因组区域而非基因列表，能够更全面地评估非编码区域的功能意义。

和先前的方法（如DAVID、enrichr等基于基因集列表的方法）相比，GREAT方法考虑了基因组片段，也能够正确纳入远端结合位点，因此在研究基因调控关系等方面效果更好。

如题。探索了如何从源代码编译安装opencv-python并开启cuda支持。

按：近日入秋，气温转凉，几场小雨之后，倏忽有了一种已经到了深秋的感觉。今天正好读到了余光中的这篇散文，对其中的秋色描写有很深的感触，遂摘录于此。又想起两年前的某个秋日，走在320园区里，有个老外骑着自行车飞驰而去高呼“Oh I love this weather! Oh!”，也许对秋天的喜欢，是刻在许多人心中的吧。

好久没有碎碎念了——因为确实有点忙。

这周组会上讲述的一篇论文。作者提出了一种检测蛋白质和DNA之间低亲和力相互作用的技术PADIT-seq，并通过这种技术发现了转录因子调控中的两种新机制。

Citation：Khetan, S., Carroll, B.S. & Bulyk, M.L. Multiple overlapping binding sites determine transcription factor occupancy. Nature (2025). doi:10.1038/s41586-025-09472-3

最近，我在RSS订阅上看见了一篇综述，详细梳理了青少年所面临的社会威胁。文章中提到的很多社交威胁都很常见，但会被我们的监护人忽略。这就是本文的现实意义：看见这些真实存在的社交威胁，而不是逃避/视而不见。

Citation: Sequeira, S.L., Rodman, A.M., Nesi, J. et al. Social threat and adolescent mental health. Nat Rev Psychol (2025). doi:10.1038/s44159-025-00484-4

认证结束能白嫖一年Google AI Pro（Gemini-pro）。

咕呱。

如题。

近年来，大语言模型（LLM）蓬勃发展，许多AI推出了网页版的聊天对话工具如 chatGPT 、 deepseek 等。然而在网页版本之外，LLM还可以通过API调用，为用户提供了更加灵活的使用方法。

最近读完的一本书。

最近发生了一件事：聚合图床（superbed） 好像挂了，导致博客上的部分图片无法加载。

这个周末尝试解决了一下这个问题。

在假期的末尾，独自一人去南京市玩了两天。

2025 年 5 月 8 日，Mozilla 与北京火狐达成一致，北京火狐将不再运营 Firefox 浏览器及任何与 Firefox 有关的中国大陆业务。因此，北京火狐将于 2025 年 9 月 29 日后，正式终止与 Mozilla 及 Firefox 浏览器相关的中国大陆运营——说人话，就是Firefox（火狐浏览器）的中国版要停服了，以后世界上只有一个Firefox，即火狐国际版。

如题。

前一阵子工作比较忙，因此博客疏于打理，见谅。好在今天开始终于休假了！最近应该更新会比较频繁。

休假前，依然碰到了几个程序方面的小问题——不过现在已经解决啦！下面是debug的记录，放在这里，也供有需要的朋友参考awa

PDF（portable document format）自从上世纪末由adobe提出以来，已经渐渐成为了广泛流行的文档格式之一。这是一个排版格式，其内部由二进制信息流（版面上的对象模型）组成，相比于word文档这种流式文档格式，PDF原则上不可修改（除了可以进行标注和标记），但其格式规范使其有着极高的兼容性，可以在任何设备上以相同的排版浏览文档内容。

收藏两篇文章

• 其一： 《杭州东站回应列车进站时一旅客跳入股道「发生碰撞，已送医救治」，具体情况如何？哪些方面需要承担责任？》沈镜潭的回答 - 知乎
• 其二：《从「不好意思」到「不好惹」：如何养成讨坏型人格》，来自简单心理公众号

一些问题想不明白，于是问了AI。下面是我的疑问与AI的回应，总结起来就是社会是复杂的，确实存在更多的压力和某种冷漠的趋势，但它并非完全没有爱或信任；但是想要爱与信任，需要建立在自己人格健康、能够自我关怀的基础上；以及，清晰的边界反而促进真诚连接。

这样的讨论真好呀。

太长不看：python优先使用系统硬件随机噪声（urandom）作为随机数种子，如果无法获得urandom则使用系统时间；随机数序列使用梅森旋转算法（Mersenne Twister）实现，以生成足够随机的数字。

如题。周末闲来无事，尝试配置了opencv-python和yolo11的环境，运行起来了一个比较基础的图像识别程序。

好想谈恋爱。

从小红书上了解到的一本书。从斯坦福大学校长大卫·乔丹的人生出发，讨论了许多。作者的文笔也很感人。

由于路由表配置错误，实验室几台服务器之间无法互相登录；通过ip route修改路由表，成功解决问题。

https://mp.weixin.qq.com/s/gsnLDKoYVnHfS3T3Hi0wPA

上世纪90年代，中国青年基本实现了婚恋自主。追求爱情，建立一段由自己选择的深度情感关系，成为当时流行文化中青年反叛与建立主体性的标志。但今天，数据显示，中国父母对子女婚姻的介入似乎又在增加。这一次，是青年「理性选择」的结果。

如题。在实验数据处理中，我们经常会碰到归一化和去批次的问题。对于RNA-seq数据的归一化，常用的方法有RPKM矫正，TPM矫正，Quantile Normalization等（参见博客往期文章《RNA-seq的数据归一化》 ），而单细胞测序数据，作为一类更加复杂的组学数据，其归一化和去批次的方法也更多更复杂。以下是结合近期实践的一些经验分享，写得不好，请多见谅。

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

端午节过完了。梅雨季节来了。夏天总算是到了。

从Z-library上下载的epub电子书有点多了。有时候想要统计这些电子书都有多少字，另外想要简单做一个全局查询功能，节省导入到阅读器软件里去查询的时间。在AI的帮助下，完成了这个工具。

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

五月大抵是个令人伤心的季节——毕业季的离别，520当日的所思所感……

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

第六次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录，主要涉及差异表达分析、基因富集分析、无监督学习的相关知识点，其中的重点包括差异倍数（Fold change）的计算，以及Fisher精确检验。

如题。

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

第五次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录，主要涉及相关性系数、一元线性回归、多元线性回归等知识点。

前几天在网上看到了这个工具。

原博主称，metaso study这个工具可以自动生成网课视频，有个AI老师可以边放PPT边讲。

如题。先前在朋友的博客中看到了一个利用大模型进行文献调研的研究（参见 《文献pdf改名&AI消化》 ）。正好这一阵子有文献调研的需求，于是在此基础上进行了一些更深入的探索。

本文主要分为三个部分：①利用网络爬虫获取PubMed的论文全文内容；②通过prompt工程调用大模型，以json文档的形式返回消化结果；③pandas批量处理保存为Excel表格。下面是探索结果

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

按： 最近这一周，持续性的情绪很低落，感觉到孤独和疲惫。

说不上来情绪低落的原因，但应该不仅仅是因为课题和助教课工作带来的压力。天气闷热而阴沉，亦给人一种感官上的压抑情绪。单曲循环《富士山下》一下午，一些过去的事情又浮上心头，更觉得现在的自己形单影只，空虚而寂寞。

第四次生物统计学助教课的备课笔记。

本文为生统助教课备课过程的一些记录，主要涉及单因素方差分析（one-way ANOVA）、双因素方差分析（two-way ANOVA）的基本概念与计算方法，以及缺失值处理的相关知识点。

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

最近在分析单细胞数据，因此和Seurat包打交道了不少。由于seurat的对象设计太复杂了，遂花了一些时间去学习其数据结构以及属性访问方法，整理为笔记特放置于此，谨供需要的朋友们参考。

前段时间，GPT4.1发布了。在看相关报道的时候，偶然发现除了chatGPT官网以外，Github居然也提供了这些模型的API，并且免费用户可以调用。这下再也不用担心chatGPT偶尔的抽风和莫名其妙的突然降智了。

本文介绍如何使用这个大模型API服务。文章分为两个部分：获取API key，以及通过AI管理工具（如 cherry studio ）调用服务。

前段时间查文献的时候，偶然看到了一些算法里涉及到了信息论的相关知识。信息论我在几年前通过看书自学过，时间太久有些忘了，正好趁此机会重新复习一下。

参考书籍：机械工业《信息论基础（原书第二版）》（ELEMENTS OF INFORMATION THEORY SECOND EDITION），作者Thomas M. Cover, Joy A. Thomas

（不知道信息论的知识点有没有人感兴趣；如果有人看的话，我打算连续出几期关于信息论的笔记与知识点整理）

几年前，我在日记中写下过这样一段话：