Warren's Blog

如题。

前段时间yxy分享了一个AI智能体大赛（AI agent game 2025，如下图）。

一觉醒来，我电脑上的Linux子系统（windows subsystem of Linux）WSL1崩了。

“也许我并不真的分得清友情和爱情，我只是把所有我觉得可以依靠的人，都当成了心理上的父母”——题记。

事情是这样的。最近实验室的服务器有点不稳定，出现了几次ssh连接莫名其妙中断的问题，严重干扰了大家的工作进度。

为了排查问题原因，也同时为了未来能够更好的应对此类问题，今天下午弄了个python脚本，实现了服务器状态监测+邮件上报两个功能。配合Linux的crontab功能 ，可以实现定时检查状态+更新。其中，服务器状态监测通过直接调用shell指令实现，而邮件上报通过python标准库smtplib实现——其中涉及到了不少新知识。

本文是对探索记录的详细记录，包括对smtplib的介绍，以及整个脚本编写和配置的全过程。

今天是3月20号。春分。

春天真正的来了。气温终于升上来了，阳光暖暖的，明亮却并不晒人。

320大院里的樱花和紫叶李都开了，垂丝海棠含苞待放。

本文为生统助教课备课过程的一些记录，主要涉及概率分布模型的定义、几种离散概率模型之间的关系，以及R和python当中这些概率模型的接口。

周末，天气久违的晴朗了起来。昨天下午出门去了滨江长跑，期间还误打误撞找到了隐藏在滨江绿地附近的南园公园。

木兰花、桃花、山茶花都开了，煞是好看；出来晒太阳的老人，嬉戏玩耍的孩子，路边驻足唱歌的艺人（似乎是热心游客扮演的？好像那个位置一直在换人），亲密无间的情侣，来来往往，很热闹，很有人间烟火气。心情好了不少。

于是，终于有精力从内耗中走出来，终于有精力去思考一个问题：我是不是在一些重要决策上过于依赖他人了？

Selby, D.A., Sprang, M., Ewald, J. et al. Beyond the black box with biologically informed neural networks. Nat Rev Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41576-025-00826-1

Beyond the black box with biologically informed neural networks
（打破黑箱：基于生物学信息的神经网络）

【按：从去年到现在，断断续续看到了许多篇关于神经网络在生物信息学中应用的论文。在这方面，常常面临一个问题：”模型预测的精确性”与”模型可解释性”的权衡。一种解决思路是先训练模型，然后用机器学习可解释方法去对黑箱模型进行解读；另一种解决思路就是引入生物学信息，构建所谓的Biologically informed deep neural network（如下图，来自P-Net模型的论文）。本文发表于本月初的nature reviews genetics期刊上，在文章中作者总结归纳了后一类模型，并在参考文献部分列出了几篇有代表性的论文。】

前几天刚刚知道了一种新的文件格式类型，叫做parquet，这是一种很高效的数据存储格式，适合dataframe形式的数据。

是这样的，ANOMS现已接入中科院学术优化（gpt_academic）服务！

访问链接：ANOMS 学术优化

C盘空间不够用了，查了一下占用C盘体积比较多的软件，发现vscode赫然在列。于是查了一下清理这一部分占用空间的方法。

在近期工作当作，我需要处理一个蛋白质组学的数据集，于是在数据处理和查询资料的过程中，学习了相关的知识，以及crux的用法。

最近一段时间的生活记录（最新修改于2月23日）。

如题。周末尝试在博客中接入了大模型（qwen-long），这篇文章是一个很好的教程，遂收藏。

PS：原本其实想接入的是DeepSeek，但我发现阿里云百炼平台暂时不支持基于DeepSeek创建AI助手应用，只能用qwen系列的模型。

本文转载自：《在基于 hexo 框架的博客上部署定制化 AI 聊天应用》 。

另外参考 《10分钟在网站上增加一个AI助手》

下午师兄推荐给大家的一个插件。

春节假期忙于各种家庭事务，没太多精力打理博客。前段时间被安利了DeepSeek-R1模型，被模型表现惊艳到了，于是也在空闲时间稍稍探索了一下本地部署的方法。

按：假期临近，由于想要在家里也能查看obsidian的笔记，就去找了一下obsidian多端同步的相关教程，看到知乎上这篇文章写的很好，遂收藏于此。文章中的部分插图，我根据实践情况进行了少量修改。如果想了解更多，也可以点击下面的链接阅读原文。

对了，提前祝大家春节快乐呀！

本文转载自知乎专栏。原文链接： 《使用obsidian与坚果云免费实现win、ipad与安卓三端笔记同步》 - 我不是一个简单的的文章 - 知乎

这两天测试组里的服务器时踩的坑。浅浅记录一下探索过程，以防未来再度踩坑。

这一年多以来的科研工作中，调研了不少机器学习库的相关知识，临近年底，事情不多，感觉正好可以整理一下。由于笔者主要使用python的缘故，这里介绍的函数库以python库居多，但也顺带介绍了一些其他编程语言的机器学习库。

周六进行服务器数据迁移时踩的坑。浅浅记录一下探索过程，以防未来再度踩坑。

论文信息： Hejase, Hussein A et al. “A Deep-Learning Approach for Inference of Selective Sweeps from the Ancestral Recombination Graph.” Molecular biology and evolution vol. 39,1 (2022): msab332. doi:10.1093/molbev/msab332

这周三，所里有团辅活动。

这两天在网上看到了一个开源的小工具叫MemoTrace，可以用来管理微信聊天记录和生成年度报告，感觉很有意思，浅浅探索了一下。

在生态学和临床医学中，有这样几个非常类似的概念很容易混淆：生命表（生态学），存活曲线（生态学），生存分析与生存曲线（临床医学）。这篇文章中我们将辨析一下这些概念，并介绍生态学研究中的矩阵群体模型（Matrix Population Models，MPM），后者是与生命表密切相关的一个数学模型。

「一年被雪，以及其他的——春天的，秋天的，夏天的——什么东西所埋葬后，十二月才进入到它的最后一天。一年过后，我们走在雪野上，含泪想到，又是一年了。但是，雪下的时候，却留下了去年经过雪地时的一行脚印，叫我们知道，他也一样一直从去年走到现在。」

前段时间读到的一篇很喜欢的散文，现在读来依然很感动。收藏在此，以便回顾。

又是一年岁末。似乎又到了写一年一度年终总结的季节。

然而相比于往年，今年的岁末有些过于平静甚至平庸。最近这几周，在忙碌于科研工作与助教课和摆烂于互联网两种状态之间来回切换，实在记不清有什么值得记录的事情。

好在，周末回看了一整年的博客和APP年终报告，突然觉得这一年经历了好多事情。所以这篇博客，就当是一篇年终盘点吧。

我看到岁月如何奔驰，挨过了冬季，就迎来春天

如题。

今天拜读了巩高峰老师数年前的一篇文章 《婚姻这个话题，聊聊就聊聊》 ，结合最近一段时间的见闻和思考，想继续讨论一下婚姻和爱情的话题。

这一部分内容来自第四次助教课的备课笔记与PPT。主要梳理了一代至三代测序技术的原理和应用范畴，以及基于高通量测序的组学技术。

这篇文章的起源是这样的。前段时间，eGPS 项目组的ydl师兄在修bug的时候遇到了Java类加载机制的问题，于是进行了一番探索，并在群里分享了他的学习心得 。随后，师兄提出让我写一写python类加载机制方面的内容。遂，利用空余时间查了点资料，形成了这样一篇文章。

十一月发生的各种事情记录，以及一些碎碎念。

如题。

因为工作需要，要从GEO数据库上批量下载一些数据集文件。鉴于手动下载文件太麻烦，于是折腾出这样一个用来批量下载文件的python脚本。

事情是这样的。本周一，所里断电进行供电系统维护，电力恢复后服务器上的MySQL数据出现了损坏，无法正常登录。

后来花了很长时间解决这个问题，下面是踩坑记录。

来自最近的助教课备课笔记。主要涉及两部分内容：生物节律检测，以及系统发育分析（包括序列比对和建树算法）。

如题。《乡下人的悲歌》是特朗普副手J.D.万斯出版的一本自传，讲述了他在铁锈带的成长经历，或许对于理解当今世界变化格局，以及规划我们自身成长有一定的帮助。

十月发生的各种事情记录，以及一些碎碎念。

如题。

这一篇教程节选自第一次助教课的课程内容。上周末准备助教课花了不少时间，也顺带复习了RNA-seq数据分析流程的相关知识。

多年前曾尝试过安装macOS虚拟机，因此这篇教程算复习。这两天帮助师兄做软件测试，需要macOS环境，由于缺乏mac设备，所以把整个虚拟机的安装流程又过了一遍。

当地时间7日，瑞典卡罗琳医学院宣布，将2024年诺贝尔生理学或医学奖授予科学家 Victor Ambros 和 Gary Ruvkun ，以表彰他们在“发现microRNA及其在转录后基因调控中的作用”中的重要贡献。

国庆期间的一些所思所感，以及随手拍下的照片。 Ich liebe den Herbst, besonders den sonnigen Tag im Herbst!

这段时间在备考驾照科目三，昨天考过，成功拿本。备考过程中写过一个小脚本，帮助自己复习夜间灯光模拟的操作，此处浅浅开源一下，供有需求的朋友使用。

是的，FFmpeg还能干这件事。

周末看完了毛姆小说《面纱》，一些所思所感。

如题。想批量获取基因信息，但是不想下载整个数据库，搜索相关资料时发现了这个API，遂探索了一下用法。

近期阅读了一篇研究癌症中的somatic mutation的文章，下面是阅读过程中的一些笔记。

这篇文章于2017年发表在Cell期刊上，下面是citation信息：

最近碎碎念有点多。

碎碎念比较多，可能是因为这段时间以来生活一直不算太顺心，且极其缺乏宣泄渠道，只能把一些情绪藏在日记里。一个人宅在实验室里的时候啥也不想做，只想刷知乎刷b站，出门转一圈又要被大街上成双成对的情侣或者成群结队的人群给羡慕到（也许是气死），生完闷气继续宅继续刷知乎刷b站，一点改变都没有。

在生活中，我们有时候会碰到这样一种场景：外出参加学术会议，回来整理PPT时发现所有的照片都需要裁剪；或者下载了一本扫描版的书，但扫描的图片对比度太低根本看不清字体。对于单张图片，我们可以很方便的使用各种编辑工具进行修改，但是如果图片一多，事情就要麻烦多了。

八月份过得好漫长啊。

最近倒是写下了不少碎碎念，浅浅整理于此，就当是对这个炎热的夏天的一些回忆吧。