解决一个安装R包以后libgfortran链接库丢失的问题

发表于 2025-07-27 分类于计算机

前一阵子工作比较忙，因此博客疏于打理，见谅。好在今天开始终于休假了！最近应该更新会比较频繁。

休假前，依然碰到了几个程序方面的小问题——不过现在已经解决啦！下面是debug的记录，放在这里，也供有需要的朋友参考awa

问题描述

某天，因为分析数据需要，我在服务器的miniconda环境下安装了一些软件包：

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conda repoquery depends -c bioconda r-bpcells
conda install bioconda::r-bpcells
conda install bioconda::r-monocle3

安装过程很顺利，但是在安装完这些之后，我的R出问题了：

(base) ~$ Rscript --version
Rscript (R) version 4.4.1 (2024-06-14)
(base) ~$ R --version
/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
(base) ~$ R
/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

base环境下的python也出了问题：

(base) ~$ python
Python 3.9.18 | packaged by conda-forge | (main, Aug 30 2023, 03:49:32)
[GCC 12.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy as np
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 24, in <module>
    from . import multiarray
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/multiarray.py", line 10, in <module>
    from . import overrides
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/overrides.py", line 8, in <module>
    from numpy.core._multiarray_umath import (
ImportError: libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/__init__.py", line 130, in <module>
    from numpy.__config__ import show as show_config
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/__config__.py", line 4, in <module>
    from numpy.core._multiarray_umath import (
  File "/home/zhangwanyu/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 50, in <module>
    raise ImportError(msg)
ImportError:

看起来是fortran动态链接库（libgfortran.so.5）出了问题。这可真是件麻烦事啊。

排查与解决

（一）排查思路

在Linux系统下，.so文件是一类动态链接库文件，在程序执行时通过 LD_LIBRARY_PATH 环境变量进行寻找和加载。因此，我的思路是这样：

先检查这个动态链接库文件存在的位置
之后修复 LD_LIBRARY_PATH 环境变量，使其可以被正确寻找和加载。

（二）解决过程

1. 找到的libfortran链接库文件的位置：

我检查了libgfortran5的安装情况，conda报告这个包已经安装，但是我在 ~/miniconda3/lib 下面找不到这个库（按理来说它应该在这里的）。这很奇怪，所以我还需要去别的地方找一找。

(base) [zhangwanyu@lih-svr01]lib$ mamba list | grep libgfortran
WARNING: pip inspect is currently an experimental command. The output format may change in a future release without prior warning.
  libgfortran                          14.2.0        h69a702a_2              conda-forge
  libgfortran-ng                       14.2.0        h69a702a_2              conda-forge
  libgfortran5                         14.2.0        hf1ad2bd_2              conda-forge

此处使用 find 指令，去miniconda根目录下寻找，最终在 pkgs 目录下找到了它们：

(base) [zhangwanyu@lih-svr01]include$ find ~/miniconda3 -name "libgfortran.so.5"
/home/zhangwanyu/miniconda3/x86_64-conda-linux-gnu/sysroot/lib64/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran-ng-8.2.0-hdf63c60_1/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran5-14.2.0-hf1ad2bd_2/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran5-11.2.0-h1234567_1/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/gcc_impl_linux-64-11.2.0-h1234567_1/x86_64-conda-linux-gnu/sysroot/lib64/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran5-13.2.0-h43f5ff8_6/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran5-13.1.0-h15d22d2_0/lib/libgfortran.so.5
/home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/gcc_impl_linux-64-13.1.0-hc4be1a9_0/x86_64-conda-linux-gnu/lib/libgfortran.so.5
^C

2. 确认这些文件存在

使用 ls -lhF 指令，对上面找到的文件进行检查。有一些文件链接到了无效的文件路径上（下图中红色的文件），这些无效路径也需要处理一下。

如上图。绿色和浅蓝色的链接库对应着正确的路径；红色则是出现问题的链接路径。

3. 重建软链接 & 使用R验证问题是否解决

其实 LD_LIBRARY_PATH 包含了 ~/miniconda3/lib 这一目录，且后者是miniconda环境下的动态链接库的默认存储位置。因此我们不必修改 LD_LIBRARY_PATH 环境变量，只需要把正确的文件链接到此目录即可。

重建软连接：先切换到 lib 目录，随后使用 ln -s 将正确的文件链接过来：

1 2	(base) [zhangwanyu@lih-svr01]~$ cd ~/miniconda3/lib (base) [zhangwanyu@lih-svr01]lib$ ln -s /home/zhangwanyu/miniconda3/pkgs/libgfortran5-14.2.0-hf1ad2bd_2/lib/libgfortran.so.5.0.0 libgfortran.so.5

随后使用R验证：


(base) [zhangwanyu@lih-svr01]lib$ R
R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life"
Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu

完结撒花！