ACMG SF v3.0与附带发现（secondary findings）基因列表
先从一页PPT说起
上图为今年7月15日的网络研讨会中，西湖大学郑厚峰博士的讲座内容。郑老师提到，在西湖大学人群队列中，他们对73个secondary genetic variants genes进行了分析。这里的secondary genetic variants是个什么东西，PhD.郑并没有详细讲述。
在查阅一些资料以后，对这个基因列表有了些了解，就此做下记录。
以下内容摘抄自 https://blog.csdn.net/fanyucai1/article/details/103988910
2012年1月美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG，American College of Medical Genetics and Genomics）委员会正式批准成立临床外显子和基因组测序工作小组，此小组的任务就是当病人进行外显子或基因组测序时发现的偶发突变给出推荐性的指导。2013年，ACMG发表了一篇关于临床的官方声明，明确强调了偶发变异可能对揭示患者病情、临床测试以及报告结果的重要性。
2016年，ACMG更新了附带发现（secondary findings）的基因列表，他们推荐实验室在临床外显子和基因组测序结果中报告这些基因的突变。附带发现是指这些基因的变异与检测的初始目的没有关系，但会导致严重的疾病，目前关于这些变异的知识可以指导临床实践。ACMG发布这些建议的原因是，临床外显子组和基因组测序检测开始激增，但却缺乏相应的标准。ACMG不断更新的建议可以帮助确定哪些附带发现可以反馈给患者，对成年人和儿童患者都适用。更新后的列表包括59个基因。
早在2015年，美国医学遗传学和基因组学（ACMG）以及分子病理学协会（AMP）曾联合出版了变异位点解读指南，基于28个判断标准（criteria）将变异位点分为了Pathogenic、Likely pathogenic、Uncertain significance、Likely benign和Benign五个级别。同样，在2017年，AMP、ASCO和CAP也联合制定了体细胞突变变异位点解读指南，基于变异位点的临床意义将其分为Tier I、Tier II、Tier III、Tier IV四个级别。时隔两年，由中国遗传学会遗传咨询分会领衔的专家团队共同编译了《ACMG遗传变异分类标准与指南》中文版（以下简称“中文版”），并获得美国ACMG的官方授权。中文在线地址：http://acmg.cbgc.org.cn/doku.php?id=start
2019年ACMG又提供了关于拷贝数变异检测的临床指导意见，在分类上同样。
也就是说，这个gene list是用于临床指导患病风险预测的列表，经过大量临床研究确定了这些variants与疾病存在关联性，并依据关联性是否显著，对这些基因的预测能力进行了分级。变异可以分为**(i) pathogenic（P，致病）, (ii) likely pathogenic（LP，可能致病）, (iii) uncertain significance（意义不明）, (iv) likely benign（可能良好）, 以及 (v) benign（良好）**。而针对致病变异的标准又可分为非常强(very strong，PVS1)，强(strong，PS1-4); 中等(moderate，PM1-6)，或辅助证据(supporting，PP1-5)。良性变异证据可分为独立(stand-alone，BA1)，强(strong，BS1-4)，或辅助证据(BP1-6)。其中，数字只是作为有助于参考的分类标注，不具有任何意义。每个类别中的数字不表示分类的任何差异，仅用来标记以帮助指代不同的规则。
下列论文（SF v3.0）供参考。文中提到，
“The goal of the SF gene list is to guide clinical laboratories as to which medically actionable genes unrelated to the indication for testing should be evaluated as part of clinical exome and genome sequencing (ES/GS), while maintaining a minimum list to balance the interests of patients with the additional burden placed on laboratories providing sequencing.“
大致意思就是说，在提供测序服务（包括外显子测序和全基因组测序）的临床诊断实验室中，被测序的基因不应该仅仅是患者的疾病所关联的那些基因（或者患者关心的那些基因），还应该关注基因组上可能造成其他疾病的潜在变异位点，而这份清单的目的就是列出来这些风险基因位点，使得临床诊断既能够准确地发现风险，从而指导治疗和预防，又能够控制测序成本。
这些gene list所包含的基因及其变异，依据已发表的临床数据，可以预测个体患病的风险。因此，在中国人群中，研究这个gene list上的基因的变异分布情况，可以对中国人群的整体健康风险有所了解。
参考资料
http://acmg.cbgc.org.cn/doku.php?id=start
https://github.com/fanyucai1/ACMG_CAP
https://blog.csdn.net/fanyucai1/article/details/103988910
https://www.gimjournal.org/article/S1098-3600(21)05076-0/fulltext